Les coûts de structure sont déterminés en Belgique par l'Arrêté Royal du 11 septembre 2016 sur la coopération non gouvernementale et se réfèrent aux " coûts qui sont liés à la réalisation de l'objet social de organisation subventionnée et, bien qu'ils soient influencés par la mise en œuvre de l’intervention de coopération au développement, ne sont ni isolables ni imputables sur le budget de cette intervention;"(Art. 1 12°). La subvention des coûts de structure est fixée forfaitairement à 7% du budget des coûts directs (Art. 29 §2).